В годы войны на фронтах сражались более 11 500 жителей района. Три тысячи из них были награждены боевыми орденами и медалями. Героями Советского Союза стали Е.Е. Бова, С.И. Бочаров, А.И. Горев, Н.В. Мамонов, И.М. Попов и А.И. Смелов. В районную Книгу Памяти внесены имена 3688 воинов, погибших и пропавших без вести.

Жизнь района в короткие сроки была перестроена на военный лад. В каждом поселковом и сельском Совете создали отряды народно-тылового ополчения для борьбы с диверсантами. В конце августа 1942 года с диверсионно-разведывательными целями юго-западнее Коноши были сброшены две вражеские группы. В операции по их обезвреживанию участвовали истребительный батальон Коноши, курсанты Великоустюгского военного пехотного училища и местные жители.

С открытием движения по Северо-Печорской железной дороге в 1942 году значение железнодорожного узла Коноши возросло. Через него в центральные районы страны шли составы с углем из Воркуты и военные грузы по ленд-лизу из Архангельска и Мурманска.

Жители района внесли значительные средства в Фонд обороны страны. Они собрали 24 046 000 рублей, 1147 тонн мяса, 7500 тонн молока и 3345 тонн хлеба. Коношане участвовали в создании фонда «Лошадь Красной Армии» и строительстве танковой колонны «Архангельский колхозник».

В районе размещались эвакуированное население и госпитали № 2536, 1172, 1601. С 1942 по 1946 годы в коношских госпиталях лечились тысячи бойцов. Многих – до 72 процентов медики вернули в строй.

Основной задачей местной промышленности стало обеспечение населения товарами широкого потребления и продовольствием из местного сырья. Было налажено производство бондарных изделий, гончарных товаров, корзин, ложек, гребней, расчесок, валенок, лаптей, обуви на деревянной подошве, спичек, копировальной бумаги и многого другого.

Лесозаготовители, железнодорожники и колхозники трудились самоотверженно. За трудовой героизм коллектив вагонного депо станции Коноша получил на вечное хранение Красное знамя, а коллектив Подюжского лестранхоза – переходящее Красное знамя Народного комиссариата путей сообщения СССР. 7234 труженика района награждены медалью «За доблестный труд» в годы Великой Отечественной войны.