Последние годы жизни

С 2000 года здоровье архимандрита Иоанна стало заметно ослабевать. Он уже не мог посещать церковные службы, храмом стала ему служить келья. В дни субботние и накануне Праздников он совершал в ней Всенощные бдения, а в воскресные и праздничные дни – обедницы. Оставаясь телом, фактически, прикованным к келлии, старец всей полнотой духа был в Церкви и с Церковью. Память сердца архимандрита Иоанна вмещала всех, с кем ему довелось встретиться на его жизненном пути.

Прием посетителей значительно сократился, на многочисленные письма старцу-духовнику помогала отвечать его келейница, Смирнова Татьяна Сергеевна, иногда – некоторые из братии.

Однако именно в этот период последних лет приоткрылась сокровенная жизнь архимандрита Иоанна, его сопричастность иному миру. Пастырское служение старца не прекращалось даже ночью: так, по свидетельству келейницы Т.С. Смирновой, он в часы телесного сна духом присутствовал на богослужении, возглавлял Литургию; иногда совершал исповедь, при этом вслух произносил слова разрешительной молитвы. Мог беседовать с неким священником, отвечая ему на вопросы, касающиеся богослужебной практики, причем делал это бодрым голосом десятилетней давности.

С 2005 года телесные силы уже оставляли старца. Ровно за год до своей кончины он стал готовить своих близких к скорой разлуке.

Срок земной жизни архимандрита Иоанна (Крестьянкина) закончился 5 февраля 2006 года в день памяти чтимых им Новомучеников и Исповедников Российских. Он был погребен 7 февраля в пещерах Свято-Успенского Псково-Печерского монастыря.