11 апреля 1910 года в городе Орёл в семье Михаила Дмитриевича и Елизаветы Илларионовны Крестьянкиных родился восьмой ребенок. Мальчика назвали Иоанном в честь празднуемого в этот день преподобного Иоанна Пустынника. Еще в детстве Ваня прислуживал в храме, был послушником у известного своей монашеской строгостью орловского архиепископа Серафима (Остроумова). Когда мальчику было два года, умер его отец Михаил Дмитриевич. Воспитанием сына занималась глубоко религиозная и благочестивая мама.

После средней школы в 1932 году Иван Крестьянкин самостоятельно переехал в Москву, окончил бухгалтерские курсы. Он устроился главным бухгалтером на небольшом предприятии, где проработал вплоть до 1944 года. От мобилизации на фронт молодой человек был освобожден по причине плохого зрения. Трудясь, Иван продолжал быть церковным человеком, сохранял веру.

В 1944 году Ивану приснился знаменательный сон, в котором он увидел себя в Оптиной пустыни, среди богомольцев, пришедших на прием к иеросхимонаху Амвросию (Гренкову). Старец Амвросий, взяв Ваню за руку, сказал стоящему рядом монаху: «Принеси два облачения, мы с ним служить будем», после чего повел молодого человека в храм. Впервые придя в церковь Рождества Христова в Измайлово, Иван узнал тот храм, в который его во сне привел оптинский старец Амвросий.

Иван Крестьянкин оставил гражданскую службу и был назначен в этот храм псаломщиком.

14 января 1945 года псаломщик Иван Крестьянкин митрополитом Николаем (Ярушевичем) был рукоположен во диакона в храме Воскресения Христова на Ваганьковском кладбище. А спустя девять месяцев, 25 октября того же года, Патриарх Алексий I посвятил диакона Иоанна Крестьянкина во иерея.

Первые годы служения иерея Иоанна пришлись на трудное послевоенное время. Народ, перенесший все тяготы и скорби прошлых лет, обратился к Богу. Храмы были заполнены людьми. С утра и до вечера совершались богослужения и требы, служились панихиды. Все это требовало от священников напряжения всех физических и душевных сил.

В это трудное время молодой иерей Иоанн проявил себя как ревностный и заботливый пастырь, привлекший к себе любовь прихожан. Зная нужды послевоенной поры, помогал людям и материально, раздавая им чуть ли не всю свою зарплату.

В 1947 году молодой священник получил благословение на обучение экстерном в Московской Духовной Академии. 

В этот период произошло еще одно важное событие в жизни молодого священника: в Москве он познакомился с игуменом Иоанном (Соколовым), бывшим насельником Введенской Оптиной пустыни, который стал для иерея Иоанна духовным наставником.

С наступлением мира государство стало вновь усиливать свое давление на Церковь. В таком положении горячее служение молодого и энергичного священника, его любовь к каждому человеку и долгие проповеди не могли остаться незамеченными, привлекая к себе сугубое внимание властей и вызывая раздражение у собратий.

В ночь с 29 на 30 апреля 1950 года в доме Большого Козихинского переулка, где жил все это время о. Иоанн Крестьянкин, был произведен обыск. Священника арестовали и увезли на Лубянку.

Экзамены на курс семинарии отец Иоанн сдал экстерном, и в 1950 году, закончив 4 курса Московской Духовной академии, написал кандидатскую работу. Но закончить ее не удалось. В ночь с 29 на 30 апреля за ревностное пастырское служение отец Иоанн был арестован и по приговору получил 7 лет исправительно-трудовых лагерей.